哲宗即位后，辽朝派来使者来参加神宗的吊唁活动，宰相蔡确因两国服饰的不同，怕年幼的哲宗心悸，便反复给哲宗讲述契丹人的衣着和礼仪。哲宗先是沉默不语，待蔡确絮絮叨叨地讲完了之后，他忽然正色地问道：“难道辽朝的使者就不是人吗？”蔡确一愣：“当然是人，但他们是夷狄。”哲宗道：“既然是人，又怕他做甚？”言辞怪诞且极为锋锐，蔡确无言以对，惊恐万状地退下了朝来。

少年老成的哲宗面对不将自己放在眼中的高太后和元祐大臣，也会用他自己的方式表示反抗和不满。每次大臣向哲宗和高太后奏报时，哲宗都是缄默不语。有次高太后问哲宗为何不表达自己的看法，哲宗回敬道：“已经处理得当，还要罗嗦些什么？”弦外之音就是自己无非是一个摆设而已。

哲宗经常使用一个旧桌子，高太后令人换掉，但哲宗又派人搬了回来。高太后问他为何？哲宗回答：“是父亲（神宗）用过的。”高太后心中大惊，知道哲宗将来必然会清算自己的举动。大臣刘挚曾经上疏，想让高太后教导哲宗如何分辨君子、小人。高太后叹气，曰：“本宫常与孙子谈论这些，可是他却不以为然。”由此看出高太后的担心害怕，当然就更不敢放下手中的权力。

元祐八年九月，高太后去世，哲宗改元绍圣，他大力打击元祐大臣，在章惇等人的鼓动之下，直指高太后“老奸擅国”，废了高太后的称号及其待遇。也许在最初，哲宗对父亲神宗的理解只是出于崇敬，但元祐时期被冷落和忽视的经历，加剧了他对元祐政治的不满，便去极力地推崇父亲神宗。可见，在哲宗的政治抱负中，有着浓厚的个人感情因素，使得人生也多了些悲剧色彩，朝野上下的泾渭也是益发地清晰明了。

哲宗亲政后，召回章惇、蔡卞、曾布、黄履和蔡京等人。这些人曾经是神宗变法时期的重要人物，但在经历了元祐时期旧党的残酷倾轧和迫害之后，他们的政治性格在党同伐异过程中遭到严重的扭曲。他们复出后，便与亲政的哲宗一样，有着强烈的报复心理，章惇就是其中最典型的代表人物。

章惇返回朝廷后，不忘刘挚和王岩叟等人对新党的攻击，变本加厉地对他们进行打击报复。绍圣元年（1094），章惇在哲宗的支持下，将旧党的主要人物吕大防、刘挚、苏轼、梁焘等人贬到了岭南。章惇还利用哲宗不满当年刘安世和范祖禹谏宫中寻找乳母一事，将两人也贬到岭南。

绍圣四年，章惇等人频频上奏，哲宗又开始了对元祐大臣进行新一轮的打击。已故的司马光和吕公著等人均被追贬和削夺恩封，甚至要掘两人坟墓，鞭尸报复，由于大臣以“发人之墓，非盛德之事”相谏，哲宗才无奈作罢，但两人的后代都被牵连遭贬。仍在世的元祐大臣，全被贬出朝廷，相继来到了岭南。

高太后垂帘时，任用顽固派司马光为宰相。司马光一上台，就把神宗时的“王安石变法”（熙宁变法）驳得一文不值，全部废止。宋哲宗对司马光和高太后的执政与压制感到十分厌倦，极其不满。

哲宗亲政后恢复了王安石变法中的保甲法、免役法、青苗法等，减轻了农民负担，使国势有所起色。次年改元“绍圣”，停止与西夏的谈判，多次出兵讨伐西夏，迫使西夏向宋朝乞和。

宋哲宗是北宋时期较有作为的皇帝。但是由于在新党与旧党之间的党争不但没有获得解决，反而在宋哲宗当政期间激化了矛盾，种下了北宋灭亡的远因。